Często zadawanym pytaniem jest: jak skutecznie leczyć boreliozę? Polskie Towarzystwo Epidemiologów i Lekarzy Chorób Zakaźnych (PTEiLChZ) zaleca stosowanie w leczeniu boreliozy antybiotykoterapii. Czas trwania leczenia może wynosić nawet do 28 dni. Podobne stanowisko prezentuje Amerykańskie Towarzystwo Chorób Zakaźnych (Infectious Diseases Society of America, IDSA). Do najczęściej stosowanych antybiotyków należą: doksycyklina, amoksycylina, cefuroksym, ceftriakson lub cefotaksym. Skuteczne wdrożenie antybiotykoterapii we wczesnych fazach choroby (I lub II faza) daje nadzieję na całkowite ustąpienie objawów, co jest jednocześnie jedynym dowodem na efektywność leczenia boreliozy. Taka terapia jest powszechnie rekomendowana przez większość polskich lekarzy.
Z kolei International Lyme and Associated Diseases Society (ILADS) zaleca stosowanie leczenia boreliozy, które obejmuje jednoczesne przyjmowanie kilku antybiotyków działających na różne formy bakterii, przez odpowiednio długi czas. Według ILADS klasyczna antybiotykoterapia jest skuteczna jedynie w przypadku rumienia wędrującego (I faza zakażenia). W późniejszych etapach boreliozy konieczne jest stosowanie długotrwałej i wielolekowej terapii. Polski konsultant krajowy w dziedzinie chorób zakaźnych negatywnie opiniuje stosowanie metody ILADS w leczeniu boreliozy. Zgodnie z jego stanowiskiem:
„Metoda ta jest nadużywana i prowadzi do przewlekłego i skojarzonego stosowania antybiotyków przy zaniechaniu poszukiwania innych przyczyn (również niespecyficznych) objawów często przez osoby bez specjalizacji w chorobach zakaźnych, co stanowi istotne ryzyko dla pacjentów oraz populacyjnie w kontekście selekcji antybiotykoodporności i w związku z tym nie powinna być stosowana”.